Руководство группой компаний КРКА основано на принципах ответственности и четкого представления о концепции развития, что позволяет сотрудникам достигать целей в соответствии с миссией компании. Многочисленные бизнес-процессы осуществляются прозрачно и требуют тесного взаимодействия между сотрудниками и партнерами.

В основе управления группой КРКА лежит двухуровневая система. Правление или совет директоров осуществляет операционную деятельность, в свою очередь деятельность правления контролируется наблюдательным советом. Корпоративное управление основано на законодательстве Республики Словения, словенской и международной передовой практике, находящейся в открытом доступе Политике корпоративного управления компании и ее внутренних правилах.